O portal neste alçado, inscrito em gablete, voltado a Sul, e decorado com alusões ao modelo de vida conventual e à ordem franciscana, bem como, provavelmente, à própria fundadora, pela repetição da letra Y, alusão cristológica (a letra, equivalente ao J, representa o nome de Jesus) mas que remete igualmente para o nome de Justa Rodrigues, tem arquivoltas apontadas, com dois baldaquinos de cada lado (sem estátuas).
Janelão manuelino do Convento de Jesus
No exterior, na fachada Sul, numa das faces da cabeceira octogonal, inscreve-se um belo janelão de inspiração gótica-manuelina, outrora revestido de belos vitrais.
Convento de Jesus
O lançamento da primeira pedra deste convento foi feito em 17 de Agosto de 1490, com posteriores ampliações. À Igreja tem-se acesso por um portal talhado em brecha da Arrábida e repleto de elementos de forte significação litúrgica, representando atributos do franciscanismo, em que a fundadora, Justa Rodrigues Pereira, se inspirou. A obra é estilisticamente atribuída ao arquiteto Boitaca.