O Mosteiro de Pombeiro é fundado, segundo a tradição, em 1059, apesar da mais antiga referência documental conhecida apontar para o ano de 1099.
Pombeiro é, todavia, uma das mais antigas instituições monacais do território português, estando documentada desde 853, segundo PAF, do IPPAR – Instituto Português do Património Arquitetónico. No entanto, do primitivo estabelecimento nenhum elemento material foi, até ao momento, identificado. Tratava-se, com grande probabilidade, de um edifício modesto, eventualmente vinculado à autoridade asturiana e localizado no lugar do Sobrado, medievalmente designado por Columbino.
Já as origens do atual edifício são conhecidas desde a época de D. Fernando, o Magno. Segundo Graf, em 1041, o Mosteiro sofre a transferência para a sua atual localização, sendo erguido o primeiro conjunto a partir de 1059, monumento do qual nada chegou até aos nossos dias. No entanto, é neste período condal que ocorre a já referida doação de D. Egas Gomes de Sousa e a concessão da Carta de Couto de D. Teresa.
A localização do Mosteiro, na interseção de duas das principais vias medievais da época – uma que ligava o Porto a Trás-os-Montes, por Amarante, e uma segunda que ligava a Beira a Guimarães e Braga, atravessando Lamego e o Douro em Porto de Rei – evidencia a significativa importância deste conjunto monástico Beneditino na região. É nestes espaços que os reis se instalam nas suas viagens e nos quais os peregrinos se albergam e recebem assistência.
Os Beneditinos, com o forte apoio dos Sousões de Ribavizela, impulsionam o arranque da construção românica, cuja datação deverá residir ao longo da segunda metade do século XII, ou nas primeiras décadas do século XIII. Rodrigues refere a existência da inscrição datada de 1199 no exterior da face sul do transepto, na qual é mencionado o suposto fundador da obra, D. Gonçalo de Sousa.
Após o término das obras na fachada principal, a frontaria recebeu uma galilé de três naves, destinada ao enterramento dos nobres de Entre-Douro-e-Minho, embora das tumulações efetuadas restem apenas dois túmulos românicos, atualmente localizados no interior do templo, e atribuídos, de acordo com Barroca, a um desconhecido nobre da família dos Lima e a D. João Afonso de Albuquerque.
Já na Idade Moderna, Pombeiro foi objeto de profundas modificações, a maioria das quais ocorridas no período Barroco. Uma das alas do claustro data de 1702, século ao longo do qual se realizaram a nova capela-mor, o coro alto, o órgão, as numerosas obras de talha dourada, as duas torres que flanqueiam a frontaria e uma parte das alas monacais.
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