Destaca-se a profusão de capitéis decorados com temas vegetalistas e animalistas, no que constitui o mais rico programa iconográfico do Românico português. Alguns capitéis mostram influências islâmicas, outros são semelhantes aos do claustro de Saint – Sernin de Toulouse e das escolas de Saintonge e Poitou.
O portal Manuelino (grande corda marinheira como único elemento construtivo), que se pode ver na igreja contígua ao actual edifício, a ele deve ter pertencido,pois foram encontrados vestígios Manuelinos que são referenciados como tendo pertencido a esse palácio, no entanto, outros autores afirmam-na proveniente da casa dos senhores de Pombeiro da Beira, a familia dos Cunhas.
O duplo portal principal separado por mainel torso com 2 arquivoltas, de volta perfeita, e colunelos munidos de bases prismáticas e capitéis lavrados de motivos vegetalistas entrelaçados.O tímpano ostenta as armas de D. João II e de D. Manuel inseridas em molduras rectangulares dispostas escalonadamente.
O portal principal, de quatro arquivoltas, contou com a participação de artistas de alta capacidade artística junto a outros de menor talento. Aqui os capitéis contém vários motivos, tanto vegetalistas como animais, alguns derivados da Sé Velha de Coimbra, como o motivo das aves enfrentadas. As colunas do portal principal são também profusamente decoradas com relevos geométricos em forma de espiral e motivos vegetalistas.
